În anul 1911 au funcţionat în Bucureşti două şcoli de pilotaj, unde au fost brevetati primii piloţi militari: slt. Ştefan Protopopescu, slt. Gh. Negrescu, slt. Mircea Zorileanu şi slt. Nicolae Capşa. Metodele de învăţare erau dintre cele mai moderne, având în vedere că primii piloţi români au învăţat să zboare pe avioanele de şcoală construite în atelierele de la Chitila. Avioanele erau de tip monoloc, elevii piloţi trebuind să zboare singuri, fără să fie îndrumaţi în aer de către instructori.
La 1 aprilie 1912 a luat fiinţă prima şcoală militară de pilotaj, sub conducerea maiorului Ion Macri, fiind cea de-a doua şcoală militară de aviaţie din lume dupa cea din Marea Britanie. Cea de-a doua, "Şcoala de Piloţi Militari şi Civili", a fost înfiinţată la 1 august 1912, pe aerodromul Băneasa, de către Valentin Bibescu. Ambele şcoli militare au avut o activitate fructuoasă, reuşind să pregătească şi să breveteze circa 100 de piloţi militari, numai în perioada 1912-1918.
În timpul primului război mondial, Şcoala militară de aviaţie a fost evacuată pentru scurt timp la Tecuci, apoi la Bârlad, Botoşani şi Odessa.

În perioada interbelică, la Cotroceni a funcţionat Şcoala pregătitoare de ofiţeri naviganţi, la Tecuci a luat fiinţă Şcoala militară de pilotaj şi antrenament, iar în Buzau Şcoala de perfecţionare pentru piloţi de război, având sarcina continuării pregătirii în zbor a absolvenţilor şcolilor de la Cotroceni şi Tecuci. Durata şcolii a fost de 2 ani, iar din anul şcolar 1930-1931 s-a mărit la 3 ani, în scopul asigurării unei pregătiri superioare, la nivelul tehnicii de aviaţie care se moderniza şi a exigenţelor întrebuinţării în luptă a acesteia. Zborul de instrucţie începea, într-o primă fază, pe avionul Morane-109 şi continua pe avioane de vânătoare de tipul Focker D-111, Spad-61 sau pe avioane de recunoaştere de tipul Potez-15. La Constanţa a funcţionat Şcoala de tir şi bombardament.

În 1940 şcolile militare de aviaţie de la Tecuci şi Buzau au fost mutate pe aerodromul Zilistea-Boboc, terenul de zbor aflându-se pe pământurile lui Alexandru Marghiloman, cedate în folosul aeronauticii şi aviatorilor decoraţi cu ordinul "Virtutea Aeronautică".
Intrarea României în războiul de reîntregire naţională la 22 iunie 1941, aduce aviatorilor de pe aerodromul Ziliştea onoarea de a intra primii în luptă într-o misiune de bombardament asupra nordului şi sudului Chişnăului.
După cel de-al II-lea razboi mondial, în conformitate cu condiţiile impuse de Comisia Aliată de Control, şcolile militare de aviaţie au fost desfiinţate.
Dupa 1948 învăţământul militar de aviaţie a început să se reorganizeze în garnizoanele Sibiu, Mediaş şi Tecuci.

În 1953 Şcoala militară de aviaţie nr. 1 de la Tecuci a primit numele de Şcoala de Ofiţeri de Aviaţie "Aurel Vlaicu", iar în 1958 şi-a mutat sediul pe aerodromul Boboc, devenind şcoală superioară de ofiţeri cu durata de 4 ani, unde se pregăteau atât piloţi militari cât şi piloţi pentru aviaţia civilă, personal navigant şi nenavigant.
Revoluţia din decembrie 1989 a deschis instituţiei noi perspective. În 1991 Şcoala de Ofiţeri de Aviaţie "Aurel Vlaicu" s-a transformat în Institutul Militar de Aviaţie "Aurel Vlaicu".

Începând cu anul 1997, Institutul Militar de Aviaţie "Aurel Vlaicu" s-a transformat în Şcoala de Aplicatie pentru Aviaţie "Aurel Vlaicu". Sarcinile de formare a viitoarelor cadre de aviaţie, din punct de vedere teoretic, au fost preluate de Academia Forţelor Aeriene "Henri Coandă" din Braşov.

La 1 august 2004, ca urmare a procesului de transformare şi redimensionare din cadrul Forţelor Aeriene, Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie îşi schimbă denumirea în Şcoala de Aplicaţie pentru Forţele Aeriene şi reuneşte cele trei categorii de arme specifice Forţelor Aeriene: aviaţie, artilerie antiaeriană şi rachete sol-aer şi radiolocaţie.