Dupa revoluţia anticomunistă din Romania din decembrie 1989, Forţelor Aeriene li s-a acordat un loc prioritar în procesul de reorganizare a forţelor armate romane.
În anul 1993, în contextul reorganizării armatei, ca necesitate a alinierii la structurile occidentale, prin unirea Aviaţiei Militare cu Trupele Apărării Antiaeriene a Teritoriului ia fiinţă Aviaţia şi Apărarea Antiaeriană, structură ce reuneşte într-un corp comun aviaţia, artileria şi rachetele antiaeriene şi radiolocaţia. Procesul de restructurare a unităţilor continuă într-un ritm alert pentru a face faţă noilor orientări politice ale României dar şi constrângerilor bugetare impuse de perioada de tranziţie. În această perioadă se ia decizia modernizării unor tipuri de aeronave, în cadrul programelor MiG-21 Lancer, IAR-330 Puma SOCAT şi IAR-99 Şoim. De asemenea, sunt achiziţionate primele aeronave C-130, România fiind astfel prima ţară din fostul Tratat de la Varşovia care introduce în serviciu un astfel de avion pentru a acoperi nevoile de transport al trupelor în teatrelel de operaţii în care se execută misiuni de menţinere a păcii.

Începând cu data de 1 iunie 2000 intră în vigoare dispoziţiunea prin care sunt stabilite structura şi denumirea actuală a Forţelor Aeriene.
Urmare a constrângerilor bugetare, un mare număr de unităţi sunt restructurate sau desfiinţate şi sunt scoase gradual din serviciu o serie de aeronave, radare şi rachete care nu puteau asigura compatibilitatea cu structurile ţi forţele NATO. Astfel ies gradual din serviciu avioanele MIG-15, MiG-17, MiG-23, Hong -5 şi MiG-29.